巨大生物の出現によって崩壊した世界で、残された人類はコロニーを形成し、限られた安全圏で生活していた。最大勢力を持つコロニー「ドルグマ」では、自律型警備ロボットによる防衛体制のもと、人々は暮らしていた。

調査員R-12は、外部での資源採取および廃コロニーの調査任務に従事していた。ある日、R-12は一夜にして壊滅したコロニーの調査に向かうことになる。R-12は廃墟の中で幼い少女エマを発見し、保護することに。

R-12はエマを伴ってコロニーへの帰還を試みるが、通常は人間を襲わない巨大生物までもが彼らに執拗に襲撃してくる。R-12はエマになにかある可能性を疑いながらも、戦闘と回避を繰り返してコロニーへの帰還を目指す。

帰還直前、戦闘でエマは重傷を負い、片腕を失う。R-12は彼女を連れてコロニーに到達する。だが、エマのコロニーへの侵入許可は下りず、隔離されることに。

翌日、R-12がエマのいる隔離室を訪れると、失われたはずの腕は再生を始めていた。検査の結果、エマの体内には巨大生物を引き寄せ、群れを形成させる因子が存在することが判明する。それは「クイーン」と呼ばれる特殊個体の特性であった。

その直後、コロニーは巨大生物の群れに包囲される。群れの中心にはエマと同じ姿をした個体が出現し、それは道中で失われたエマの腕から生じた分体であると、コロニーの長は説明する。さらに長は、ドルグマがクイーン個体を利用して巨大生物を誘導・制御し、生存圏を維持してきたことを明かす。そしてR-12もまた、過去のクイーン個体から連なる系譜の一つであり、人類の管理下で運用されている存在であったことが示される。

R-12はコロニーを包囲する巨大生物と応戦し、群れを統率するエマの分体と対峙する。最終的に分体を捕獲することで群れの統制を失わせ、コロニーの危機は収束する。

後日、エマは新たなクイーン個体として管理下に置かれ、同様の個体が人工的に生成され始める。最後、R-12はエマから生成されたE-01と共に、コロニー外の調査へと向かう。