埼玉県郊外の住宅地。小学四年生の遥希は、両親と祖母の四人で暮らしている。祖母はかつて、他界した祖父と共に趣味の家庭菜園に情熱を注ぎ、その野菜を無人販売所に並べるのを何よりの楽しみにしていた。しかし、祖父の死後、祖母は畑に出る気力を失い、かつて賑わった販売所も荒れ果てていた。両親はサラリーマンとして多忙で、祖母の寂しげな背中に目を向ける余裕はない。

ある日、遥希は物置の隅で、祖父が遺した四段の木製棚を見つける。何気なく売れ残った胡瓜を上から二番目の段に置くと、翌朝には野菜が消え、代わりに未知の合金メダルが賽銭箱に入っていた。一番下の段では野菜が残り、一番上の段では古銭や陶器の破片が届く。遥希は試行錯誤を重ね、上段は過去へ、二段目は未来へと野菜を届ける法則性があることを導き出した。

遥希は祖母の生きがいを取り戻そうと、収穫した野菜を未来の段へ並べた。野菜が消え、珍しい対価が届くたび、祖母の表情には活気が戻るように見えた。しかし、棚の干渉は次第に暴走を始める。ある朝、賽銭箱には灰色の無機質な部屋で野菜の断片を崇める未来人の記録写真が入り、同時に、収穫前の未成熟な苗が棚の引力に根ごと引き抜かれ、宙を舞う記録写真が出てきた。遥希の介入が、未来の食糧危機を加速させ、さらに過去の祖父母の農業から「試行錯誤する苦労」を奪っていたのだ。

過去へ完璧な野菜を送り続けた結果、祖父母は農業の努力を放棄し、現在の祖母から「野菜を育てる誇りと知識」が消失していた。このままでは祖母は、野菜作りという人生の支柱を完全に失ってしまう。事態の深刻さを悟った遥希は、棚をハックして因果の修正を試みる。彼は未来から得た「農業の失敗と困窮の記録」を読み解き、あえて「霜で枯れた苗」や「虫食いの葉」といった、祖父がかつて乗り越えたはずの試練を過去の祖父母へ送り始めた。

過去の祖父母は、届いた失敗の種に頭を抱えながらも、必死に土を調べ、害虫と戦い始める。その苦闘の過程で、祖母の記憶の中にある「祖父と分かち合った農業の喜び」が再構築されていった。翌朝、賽銭箱の中には祖母の筆跡で「届いた野菜のおかげで、家族みんなが笑っている」と記されたメモがあった。物置から出ると、そこには膝の痛みも忘れて土と戯れる祖母の姿があった。彼女は「おじいちゃんと本当に苦労して育てた畑なんだよ」と、かつてないほど誇らしげに語る。遥希は棚の扉をそっと閉めた。