1. 奇妙な出会いとどん底の五月（起）

五月四日の早朝、失恋のやさぐれた気分でいた大原美都里は、路地で二葉の出た謎の種をカラスから救い、自宅の洗面器に植えて「ふたばっち」と名付ける。直前、美都里は5年付き合った恋人の周平を、親友の香苗に寝取られていた。その原因は美都里の仕事のドタキャンだったが、さらに追い打ちをかけるように、勤務先の村上印刷の社長が夜夜逃げして会社が倒産。無職となった美都里は孤独と虚無感に襲われる。

2. 宇宙人「ふたばっち」の覚醒（承）

そんな折、香苗から悪気のない惚気電話を受け、美都里が激しい後悔に苛まれていると、突然、部屋に緑髪の全裸イケメンが現れる。彼の正体は、水と日光を得て人の姿に戻った宇宙人「ふたばっち」だった。 人の脳波を読める彼は、美都里の失恋を「哺乳類の雄の本能（種の保存）」によるものだと冷徹に分析し、傷ついた美都里に寄り添う。美都里の生活費を稼ぐため、そして人間の調査サンプルのため、ふたばっちは夜の街・歌舞伎町のホストとして働くことを決意する。

3. 歌舞伎町での快進撃と危機（転）

ふたばっちは「超共感能力」を駆使し、瞬く間に人気ホストとなるが、水と日光を好む植物の体は、不摂生とアルコールで徐々に蝕まれていく。 ある日、ふたばっちの店に周平と香苗が客として現れる。本能だけで結ばれた二人の関係はすでに冷め切っており、香苗はふたばっちにしがみつくが、彼は「君には他者を愛する根っこがない」と一蹴し、美都里の尊厳を守る。しかしその直後、ふたばっちは体内の「種」の枯死により吐血して倒れてしまう。彼を救うには、本来の目的地であった荒川の河川敷へ還し、宇宙船の迎えを呼ぶしかなかった。

4. 旅立ちとそれぞれの根っこ（結）

五月の終わり、美都里は衰弱したふたばっちを抱えて荒川の河川敷へと走る。土に還り光を取り戻したふたばっちは「僕の星へ来るかい？」と、ここではないどこかへ美都里を誘う。 しかし、ふたばっちのおかげで過去を乗り越えた美都里は、「私はこの地球で、自分の根を張って生きてみる」と微笑んで断る。ふたばっちは満足げに微笑み、光の胞子となって青空へと旅立っていった。一人残された河川敷で、美都里は新しい求人票を開き、前を向いて歩き出すのだった。