――2109年、マリアナ海溝で未知の粒子〈メモリオン〉が発見される。記憶や感情に反応し、１グラムで都市を一年稼働させる莫大なエネルギーを有するメモリオン。これを巡り第一次深海戦争が勃発。

――2185年、戦争が終結し、メモリオンは発電や医療を支える基幹資源となっていた。アクアコープ社の潜水艇TX-4には、船長ジョージ、副船長ヤガミ、潜水員ミヅキが乗船し、メモリオン採掘を行っていた。本来、メモリオンは適性を持つ共鳴者が潜水し、精神を媒介に安定化させなければ回収できなかったが、近年は共鳴物質の発見により自動収集ポットが普及し、人による採掘は減少していた。長年、潜水員として潜り続けてきたミヅキは、自らの役割の意味を見失いかけていた。

任務中、採掘の自動化で職を失った元潜水員の海賊に遭遇し、ミヅキが乗っていた潜水ポッドを拘束される。彼らは保安局から逃れるため立ち入り制限区域へ侵入するが、そこで強い負の感情と共鳴して暴走する〈赤色メモリオン〉群に踏み込んでしまう。赤色メモリオンは高出力だが安定化が極めて困難であり、かつて海域一帯を壊滅させた事故の原因となった物質でもあった。このまま共鳴が進めば再び暴走が起こりかねない。逃げ場のない状況で、ミヅキはメモリオンを安定化させるため、元潜水員の海賊と協力して赤色メモリオンへ接触し、なんとか安定化に成功。赤色メモリオンは沈静化し、暴走は回避される。

海賊騒動の後、精密検査のため訪れた病院で、ミヅキは一人の少年と出会う。少年は過剰な共鳴適性を持ち、メモリオンなしでは生命を維持できない身体であった。世界中のメモリオンと常時微弱に共鳴しており、赤色メモリオンに接触したミヅキのことも感知していた。少年は海溝近くでしか生活できず、地上へ戻ることができない生活を送っていた。

任務を終え浮上する潜水艇の中で、ミヅキは病院で会った少年のことを、ジョージとヤガミに話す。男たちは、メモリオンなんて見つからない方がよかったのではないか、人類はどこかで進歩を止めるべきではないかと、メモリオンの是非や人類のあり方等についてうだうだと語っている。ミヅキはそれを一蹴する。

「うるさいなぁ、腹が減った。早く帰るぞ」

潜水艇は静かに浮上、船内では青白いメモリオンの光が揺れていた。