宇宙の果て、兜率天星（とそつてんせい）。弥勒族の戦士3698243が自身を呼ぶ波動を感じ、56億7千万光年先の星へと素数跳躍走法で飛び立った。

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天平（てんぴょう）12年（740）10月。聖武天皇の補佐役である吉備真備（きびのまきび）ら（※1）が実質的に政権を握る中、真備に対立する藤原広嗣（ふじわらのひろぐつ）が九州で乱を起こし、鎮圧された。政争に疲弊している聖武天皇は広嗣が殺されたことに心を痛め、昔を懐かしむ。

回想)首皇子（おびとおうじ）（のちの聖武天皇）は教師・志斐三田次（しひのみたすき）のもと、兄のように慕う広嗣や、酒に溺れて破門になったろくでなし陰陽師・余真人（よのまひと）も遊びに顔を出す、そんな中で算道を学び、特別な才を発揮していた。

回想を破るように、大量の式神が宮内を跋扈していると報が入る。広嗣が怨霊と化し、襲ってきたのだという。暗い気持ちの聖武天皇は仏に祈る。その時ハッとする。仏の教えとは一つひとつがそれ以上分解できない真言。言い換えれば真言とはそれ以上割り切れない数字——聖武天皇は老いた三田次と真人を呼び、仏を通して素数の概念を発見したことを告げる。
　同刻、母の容体が急に悪化した。聖武天皇が会いにいくと、母は取り憑かれたように和歌を口走る。聖武天皇はどこかで聞いたことがあると訝しむが、思い返す暇もなく真備に式神退治を任せ、難を逃れるため平城京を離れる。

恭仁（くに）に仮の宮を築いた聖武天皇は母の和歌がかつて広嗣に聞かされたものであり、そこに九九が隠されていることを思い出す（※2）。八一と答えると母の口から式神が出てきて、自己割算して砕け散る。なんと式神とは数式でできていた。正気に戻った母は、平城京を跋扈する式神は真備たちの謀略だと広嗣の言葉を伝える。聖武天皇を排除し、自分たちに都合の良い天皇を立てるつもりだと。

恭仁宮にも真備の式神が現れる。聖武天皇は真人に式神の数字を読み取らせ、三田次と素因数分解して砕く。だが次に大量の巨大式神が暴れ出す。聖武天皇たちは素因数分解で対抗するが巨大式神どもに宮を占拠される。
　以降、紫香楽や難波、また恭仁へと宮を移しながら戦うこととなる。

素因数分解では埒が明かず、聖武天皇たちは素数を式神化する。すると仏性が高い素数は素数式仏となった。素数式仏は非破壊性が高く、大きな素数であればあるほど強い。素数式仏1321が真備の式神1310を打ち砕く。だが真備も素数の存在に気づき、素数砂漠1322-1326（※3）で対抗。素数砂漠に沈む1321。だがすぐに1327で反撃。以降、勝って負けてを繰り返す。（実質、素数発見競争。）

一方、光明皇后がある提案をする。全国に国分寺と国分尼寺で素数結界を張り、その中央素数施設として大仏殿を構え国を護ってはどうかと。聖武天皇は国分寺・国分尼寺、大仏造営の詔を発布する。

5年後。素数対決が百万桁に突入したある日、三田次が結成した算師集団が素数3698243を発見。聖武天皇は3698243が「みろくはふじみ」だと気づき、生成中の3698243に語りかける。すると夜空から弥勒菩薩（※4）が降臨し、素数式仏と融合。巨大な素数盧遮那仏（るしゃなぶつ）（※5）となった3698243は瞬時に素数砂漠を蹴散らす。それ以降いくら大きな素数砂漠が襲いかかっても3698243は負けなかった。
　聖武天皇は平城京に帰還。真備らを降伏させ、弥勒菩薩を空に還す。皆が真備を殺せと言うが聖武天皇はその能力を買い、共にこの国を発展させることを誓わせる。

天平勝宝4年（752）、東大寺で大仏の開眼法要が行われる。大仏は3698243を模写したものだ。その時ひとりで素数発見を続けていた三田次が3698797を見つけたことを告げる。真人が「それ、“みろくや、なくな”じゃないか」と笑う。

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宇宙の果て、兜率天星。夜泣きの激しい赤ちゃん3698797がふいに泣きやんだ。父3698243が抱き上げ、遠い星に優しい眼差しを向ける。