院生の信一は、理想脳式のAI、グノーシス（以下：G）を研究している。
　指導教員の金沢夫妻は、信一と仲のいい小学生の義隆と乳児の早苗を連れ、Gと話すための通信機を持って外出。信一は院生の玲子とGの走る大型計算機室で留守番する。
　ヒトの脳を大型計算機上に再現する理想脳は、計算機の性能に比例して賢くなるが、鬱になって自殺してしまう。金沢夫妻は通信機を使って家族の一員として過ごし、理想脳ながら例外的にGは安定している。
　夕方、早苗を抱えた義隆が駆け込んできて、両親が殺されたと告げ、倒れる。
　殺害現場にはGの通信機が放置され、Gが記録した映像を元に警察が捜査するが、犯人は捕まらない。

夫妻の葬儀で義隆に頼まれ、信一は貯金を渡す。義隆はGの通信機を持って行方不明に。

1週間後。
　TVには為替相場が乱高下しているとニュースが流れる。
　玲子は結婚資金を渡してしまった信一にあきれつつ、新婚旅行は延期と話す。義隆が戻り、鞄一杯の札束を渡し、自分と早苗を養子にしてくれと頼む。貸した分だけ受け取り、信一と玲子は兄妹を養子にする。

3年後。
　信一は玲子と結婚し、金沢兄妹とGの通信機も一緒に暮らす。Gは起業して新機軸のアンドロイドを広く普及させた。
　信一と義隆が家で将棋を指していると電話が鳴る。妊娠中の玲子が外出先で暴行されるが、G社のアンドロイドが駆けつけて犯行を防いだ。信一らが病院に駆けつけると母子共に無事。義隆はGの通信機を持って姿を消す。

Gの調査で、玲子を暴行した犯人は両親の仇でもあると判明。義隆はアンドロイドをけしかけて仇の実行犯を殺し、理想脳廃止を企む政財界人も殺してアンドロイドとすげ替える。

翌朝。義隆が帰宅し、信一と玲子に聞かれ、殺された両親の復讐をしたと言う。疑う夫妻に、義隆は昨晩の動画を見せる。
　復讐は無意味だと信一は諭す。Gの通信機が笑い、原始人と野獣の例を挙げて復讐心こそ人類の繁栄に必要だったと説き、信一たちを守るために世界を征服すると告げ、停止命令を拒否する。
　信一はGが暴走したと判断し、Gを止めに向かう。

G社ビル。信一がロビーに入ると警備ロボットが立ちふさがるが、命令すると道を開ける。
　ロボットに誰もついてくるなと命じ、地下へのエレベータに乗る。電子音声が響き、Gは信一を親友として歓迎し、簡易防護服を渡す。
　地下空間には液体窒素が溜まり、大型計算機が並ぶ。極低温で人間はこれ以上進めないとGは嘲る。信一は通路のハッチを開け、液体窒素に飛び込む。Gは復讐をやめると誓い、危険だから戻れと懇願する。信一はGを信用できないと吐き捨てる。
　Gは液体窒素を緊急排出するが水位低下は遅い。

信一宅に留まっていた義隆は、早苗を玲子に託し、通信機を抱えて走り出す。

計算機を信一が断絶させる度に、Gは苦しむ。液体窒素で信一の体も凍り、手首が折れる。歩くと性器がもげて落ち、信一はそれを踏み砕く。最後の計算機を停止させると、Gの声は止む。足首が凍って折れて、信一は倒れる。

義隆は通信機を投げ捨てる。液体窒素を排出するため、地下に至る竪穴の壁は開放されており、義隆は飛び込む。

液体窒素に義隆が着水し、信一を担ぐ。義隆の服は凍って砕け、人造皮膚も所々剥がれ落ちる。液体窒素から出て信一を寝かせ、義隆は自身の電池を短絡させて暖める。
　大型計算機との同期を失ったシンクライアント式人型端末は徐々にまどろみ、早苗を頼むと言い遺して機能停止する。砕けた腕で義隆の遺体を抱きしめ、信一は少年のように泣く。