２０３１年、東京の月島一帯は、野生化した建築物で埋め尽くされた

２０年代後半から、月島では実証実験として、能動素子（アーキ・セル）と呼ばれる素子での建造物が試作され始めた。一つ一つは微小な素子（セル）ながら、内部で化学反応系のアトラクターを内蔵し、外部から入力されるプログラムに従って、物性や色を任意に変化させながら複雑に組み合わさり、多彩な建物の構築を可能にした。更には生物の細胞を模倣したシステムによって自己増殖も可能で、そのため低コストで複雑な建築が可能となった
だが、ある時起きた地震による衝撃で、素子同士の反応経路が絡み合った結果、まるでガン細胞のように異常増殖を繰り返され、島全体は覆い尽くされた
橋をすべて爆破することで、被害を島の内部に押し込めたが、素子達は、内部に残ったデータを参照し続け、自発的に建築物を模倣し、独自の建築様式を模索し始めた。その現象は”相転移”と呼ばれ、その一帯は偽景（ぎけい）と呼ばれるようになった

それから１０年後、２０４１年。立ち入りが制限されてる偽景には、素子で紡がれた建造物で生え茂る、独自の生態系が築かれていた。その土地を２３歳の女性、橋本環（たまき）は探索しながら、偽景の今の様子をネットで配信している。その配信で集めた寄付で偽景を解析し、月島を元に戻すのが目的だ。そのために、エンジニアの七瀬と会社を設立し、資金を集めるために偽景管理の下請けなども行っていた
そして、環にはもう一つ目的がある。偽景のどこかにあるはずの、弟の遺体を探すことだ
弟、恭司（きょうじ）は、幼いころに事故で半身不随となり、脳の言語野と視覚野に障害を残した。相転移が起きた時、ふたりは月島の新国立科学館にいたが、混乱によって逸れ、そのまま恭司は消息を絶ち、彼は特別失踪として、災害で唯一の死者となった
大人になった環は、恭司の身体の一部でも発見するために、偽景の探索を繰り返している。その折には、自分が来たことを知らせるために、偽景の一部に毎回、落書きを残した。そのマークは、ふたりの合言葉。恭司は、脳を補助する電脳デバイスで自身の感情を色で表現し、環と意思疎通をとっていた。その際の挨拶に使ってた色と印だ

ある日、環が偽景に入ると、素子達が色めき輝く光景を目の当たりにする。環には、その色に特定の規則があることが理解できた。それが、恭司のとそっくりだったからだ。そこで環は、まだ恭司が偽景にいるのではと考える
その色をヒントに、七瀬による偽景の解析は格段に進み、ついに一帯を元に戻すための方法が見つかる
だが、環は恭司の痕跡が消えるのではと恐れ、その実施を逡巡する。すると、七瀬は過去、自分の書いたコードのバグが、相転移を引き起したと告白し、その禊のため、勝手に偽景の初期化の準備を始める

その事実を知った環は怒り、単独で偽景の科学館を目指す。蠢く素子の中を必死にたどり着くと、中は様々な色彩が点滅を繰り返していた。そして環の目の前に、電脳デバイスが接続された、恭司の脳の姿があった。そこで、環は理解する。偽景の建造物達は、恭司の脳を写像した模倣物（ミミクリ）として、活動していたのだ

その時、突如、一帯の素子の動きが活発になる。動揺する彼女に七瀬が追いつき、事態収束の提案をする。それは、偽景を翻訳（コンパイル）することで、独立したサーバー上に移し、素子を停止させる計画だ。ふたりで協力し、暫定的に事態は収束した
その後、橋本家の檀家の寺で、偽景の一部を燃やし、環は恭司の供養を行う。そして、サーバー上に残った新たな生命の可能性を、恭司の忘れ形見とし、環は育てていこうと心に決めた