震災の日、饒波（じょうは）（3分岐）の所有する本の地図上で北上川が分岐し、未知の歴史が書き加えられていることに気付く。
翌日、分岐地点を訪れると、そこには北上川河川歴史公園があり、北上川は昔から分岐していたと記す歴史解説があった。
本と公園の歴史は一致していて、寧ろ不一致なのは自身の記憶の方だった。
納得のいかない饒波は北上川を下って旧北上町の海岸まで行く。するとそこで分岐を継承する感覚に襲われる。
後日、饒波（14分岐）は同じ謎を追う洛書（らくしょ）（11分岐）と出会い、以下の情報を得る。

1.世の中には分岐を持った人間、フォーカーが1パーセント未満の割合で潜在する。
2.フォーカーが周囲を大地に囲まれた浸水した道で溺死すると、その付近の道が分岐するデスブンキが発生する。
3.フォーカーは溺死したフォーカーから分岐を継承して自身の分岐数を増やすことができる。
4.分岐数を増やすと分岐前の歴史の記憶が残ったり、分岐後の結果を予知できるようになる。
5.稀に分岐先が別世界へと繋がり、そこへは分岐数の多いフォーカーのみが行ける。

物語は震災から8年後の『黒い津波　知られざる実像』の放映を機に幕を開ける。
後日、番組に出てきた黒い水を見に行った饒波（41分岐）と洛書（17分岐）は、その中に「黒ノ泉に浸かると分岐を編集できる。源泉は別世界の黒海にある」という情報があることに気付く。
その後別世界の黒海に行く方法を探った結果、国会議事堂前駅を分岐させると行けることが判明する。
だがその実行には殺すフォーカー、贄が必要だった。洛書は自身が贄になることを提案するも饒波は拒み、結局赤の他人を贄に選ぶ。
饒波と洛書は令和元年台風第19号襲来の日、国会議事堂前駅のホームを数cm浸水させ、贄を殺してデスブンキを発生させ、分岐先にあった5番線ホームから列車に乗り込む。

到着したのは紀元前5600年頃のボスポラス海峡を横断する巨大なダムだった。ダムの中は空洞で人々の生活圏となっていた。
そこでノア（135分岐）と名乗る饒波と瓜二つの人物と出会う。彼はダム管理者で黒ノ泉を大洪水から守っていた。
ノアは「別世界の饒波がダムを訪れることはよくあるが、洛書を殺していない饒波が訪れたのは初めてだ」と明かす。同時に「ダムの中の下層は生活圏外だが、最下層に黒ノ泉がある」と教えてもらう。
但しデスブンキに否定的な饒波と洛書とは違い、ノアはそれにも役割があると考えていた。対立の末、両者の価値観は更新されていく。

饒波と洛書は最下層へ向かうが、途中で行き止まりとなる。
そこへノアが現れ「進むにはデスブンキを発生させるしかないが、ここの浸水は構造上不可能。但し分岐数が異常に多いフォーカーを贄にすれば、浴槽程度の水でもデスブンキは発生する」と告げられる。
饒波は「ノアが贄となることが望ましい。代わりにヌーフという名でダム管理者を継ごう」と約束する。
ノアは「今までの饒波は皆ダム管理者ではなく贄になろうとしたが、分岐数を増やす過程で皆狂い、その度に殺していた」と明かす。だからこそ今までの饒波とは異なる饒波を信頼したノアは、用意していた浴槽で溺死してデスブンキを発生させた。
饒波は分岐先にあった黒ノ泉に浸かり、分岐を編集して方舟という物語を創造すると、多くの世界からデスブンキは消失する。一方で未だ一部の世界にデスブンキは存在し続けている。