サラは船の上で産まれた。父は海賊船の船長で、母親はサラを産んだその日に死んだ。悲しんだ船長は、妻の遺骨を砂鉄に混ぜ、職人に砂時計を作らせた。砂時計は死のシンボルであり、上から下に落ちる砂は、生の時間が減っていくことの暗示だった。船長は妻の魂が永遠に生きることを願い、砂時計の受け皿となる真鍮製の円盤にメビウスの輪を彫った。螺旋状の柱三本で支えられた本体では、丸底のガラスが垂直につながっており、〈蜂の腰〉と呼ばれるくびれを通って、砂が落ちていった。こうして五百年に渡り、代々受け継がれていく砂時計が完成した。

　当時、砂時計は航海中に時間を計り、経度を知るために必要な装置だった。サラの役目は時を読むことだった。今日も砂時計はサラの琥珀色の瞳に見つめられていた。この猫のような琥珀色の瞳は、死んだ母親譲りだった。砂時計の砂が全て落下すると反転され、三十分ずつ時を刻んだ。サラの指で螺旋状の支柱を持たれ、サラの体温が真鍮へ移動した。一日に何度も天地を逆にされ、サラの瞳と海原に囲まれながら、砂時計はさらさらと砂を落とし続けた。夜はサラの枕元に置かれ、寝顔を見守った。

　ある日、船は敵対する海賊船に襲われた。サラは闘って致命傷を負い、目の前で父の命が奪われた。敵の剣に貫かれた父が、天を仰ぎながら倒れる様が、スローモーションでサラの目に映った。父が倒れたところで、周囲の動きが止まった。怒号も波の音も聞こえない。砂時計を見ると、〈蜂の腰〉で砂が止まっている。サラには砂時計が時を止めているように見えた。サラは剣を手に取り、父を殺した男に近づいて残りの力を振り絞り首をはねた。見開いたままの父の目を閉じさせ、祈った。そしてサラは母の形見である砂時計を手に持ち、海へ飛び込んだ。

　再び砂時計が砂を落とし始めた。砂時計はサラの手に握られたまま、海底に沈んでいった。サラの肉体が分解されるのにそれほど時間はかからなかった。砂時計はサラの手から離れ、海を漂流した。砂時計は海の冷たさに触れ、サラの体温を想った。

　東北地方のとある村で捕鯨を生業としていた男は、解体した鯨の体内から美しい砂時計を見つけた。それを妻へ贈ったところ喜ばれ、大切に使われた。

　この後、砂時計は「死に際に時を止める」不思議な力を持ったものとして、代々引き継がれた。砂時計は持ち主の死の直前に砂を止め、最期の想いを遂げる手伝いをした。それぞれの瞳に映る想いの断片を、砂時計は一人一人、記憶していった。

　砂時計を受け継いだ、糸川ぬいは東北地方の海辺にある〈ぬいの家〉の主人で、ぬいぐるみの修理をしている。夫と別れたものの得意な裁縫だけで生計をたてるのは難しく、夜も働いた。ぬいの娘レイカは、ぬいが仕事の合間に縫った、琥珀色の目をした猫のぬいぐるみ〈トラ〉を肌身離さず抱いていた。しかし中学に上がる頃から母と娘は衝突することが多くなり、レイカはぬいの目の前で〈トラ〉を切り裂き、ゴミ箱に捨てた。怒ったぬいは、レイカの頬を叩いた。これが決定打となった。母と娘は衝突することが多くなり、レイカが東京の大学へ行くと、それ以降ほとんど帰ってこなくなった。

　一方、ぬいの丁寧な仕事ぶりはネットの口コミで評判になり、全国から修理を依頼する者たちからぬいぐるみが送られてきた。いつも仕事場には母の形見である砂時計を置いて横目で見ていた。三十分計である砂時計で仕事のペース配分をしていたのだった。ぬいは依頼者たちの思い出がつまったぬいぐるみたちを、次々と生き返らせ、砂時計はその奇跡を見守った。

　ある雪の日の朝、ぬいは強烈な頭痛に襲われ気を失った。目をさますと、砂時計が止まっている。昔母から聞いた言い伝えを思い出した。砂時計が止まると、もうじきお迎えがくるんだよ、と。時が止まっているように見えた。

　ぬいは思い残すことが一つだけあった。押入れの中から茶トラ柄の布と、琥珀色のボタン二つを取り出した。ひと針ひと針、丁寧に、素早く縫った。綿をつめ最後のひと針を縫い終わると、再び砂時計が砂を落としはじめた。ぬいは気を失い、そのまま亡くなった。

　母の訃報を聞いたレイカは〈ぬいの家〉に帰った。昔捨てたはずのぬいぐるみ〈トラ〉が窓辺に置かれていた。レイカはぬいぐるみを抱きしめて泣いた。

　レイカの娘、沙羅は砂時計に気づき手に取った。砂時計は沙羅の手のなかで、かつての記憶を蘇らせた。その晩、沙羅は夢を見た。琥珀色の眼をした少女が海原に髪をなびかせ、航海する姿を。