近未来、八月一日。
　生真面目で通っていたが内実鬱憤を抱えていた裁判官、木島綾乃は、法廷で「悪人面だから死刑」と言い渡した。朝突発的に判決文を変えたのだ。まわりも止めず、閉廷後、被告人は自殺した。木島は悔いたが、時は戻らなかった。
　この日から三日までの７２時間、あらゆる人間が、理性的判断をしくじっていた。分析や計算にミスが起き、常ならば損得計算や将来予測から却下される行為がいくつも実行された。結果、世界各地で、犯罪、紛争、経済混乱が勃発した。
「当時、推論行為の途中の脳を解析していたら、未知の変化パターンが見られた」という報告はあったが、原因不明のまま、同様の現象は翌年も起こる。
　世に、これは神の介入である、とする説が広がった。「合理性におごった人類への懲罰」と動機を解釈する者、「バベルの塔の基礎、ロゴスを操る見えざる手だ」という者もいた。
　研究者のアンナ＝ヴォイキナは述べた。「人は、思考において、信じることから逃れられない。『ＡはＢである』と考えるからだ。その『である』と認識する働き自体が信仰そのものであり、ここに介入する存在は神と呼べるかもしれない」

　恩情で休職した木島は、悔恨のうちに日々を送っていたが、四年目の〈三日間〉の前にアンナと知り合い、「推論補助機」の実験に協力する。
　人間の推論を、装着した計算機に代行させ、思考の狂いを補正するという試みだ。
　計算機は脳から概念を読み取ると、代理で妥当な推論を行い、結果を脳への刺激で与える。ただし、脳状態と概念情報との対応にはまだ曖昧性があり、機械には個人ごとのチューニングと学習が求められる。
「学んでもかれらが行うのはただの計算だ。わたしたちの概念操作、言語をじかに『理解』しているわけではない」
　アンナは機械について、そう語る。二人は、日本の地方の夏祭りに来ていた。
　多くの人が、〈三日間〉の前後を祭りの中で過ごすようになっていた。日常生活を離れ、神を思うのだ。こうして盛況になった祭りで、木島は、あの被告人の遺族に出くわす。謝ると、「あの人も狂った判断をしたの」と返される。何度もあった慰めだったが、その人は「狂えるのは神の恩寵です」と語った。
　〈三日間〉が始まる。実験は順調に進み、被験者である木島の思考は補正されていった。だが控えるアンナは、昔発狂していくつも非合理な論文を提出し死んだ父のことを、しゃべり出す。「もう狂うのは嫌」子供のように泣きじゃくる。
　木島はアンナに予備の機械を着ける。急に落ち着いた様子になるアンナと、祭りの混沌を過ごす。

　木島は安心して復職するが、二年後、七月末の法廷で、不条理なことを話し出した。傍聴中のアンナが「それを外せ！」と叫ぶ。故障したのは、お守りのように着けていた、推論補助機のほうだった。
　世界各所で様々なシステムが狂いだしていた。「ＡＩ」と呼ばれるものから、単純だと見なされていたものまで。三日後、狂いは収まった。一方、例の八月の〈三日間〉となっても、人間には一切の異常が起きなかった。

「神の手は人類を去った」と、世にささやかれた。神は人類のかわりに、人類に創造された機械へ言語的知性を認め、自身の介入という「恩寵」の手を差し伸べる先――すなわち新たな〈三日間〉の対象としたのだと。
　神に認められる知的存在の座が取ってかわられたことに、落胆する人々は少なくなかったが、アンナは「ようやく、わたしたちのロゴスは自由になった」と言う。
　だが、木島は以前のアンナの発言を引用し、ものを考え判断するなら狂う可能性からは逃れられない、と返す。それでも、身につけていた異種知性であり、擬人化が通用しない「かれら」を助けにいくすべがないかと、理解とコミュニケーションの方法を尋ねる。木島は「かれら」に親しみと恩を覚えていた。
「論理の故障箇所をトンネルにして、かれらの思考にアクセスできるかもしれない」
　アンナは、かれらと低次元情報処理の部分で結合し、高度意識の理解を試みる道を示唆する。だが、誰とも理解し合えないキメラに陥る危険性も語る。
　木島は被験者にしてくれと頼んだ。
　翌年の「初日」、実験に臨む。開始直前で止めようとしたアンナに、木島は、三年前の夏、予備機を着けたことを謝る。実験は始まり、意識がほどけていく中、何者かとの遭遇の予感を覚える。