人類滅亡後の世界。

主人公は少年のアンドロイド、キッド。

キッドの体内には、銀花虫という虫の群れが入っている。銀花虫は、隕石で運ばれてきた地球外生物だ。常に群れをなし、謎のエネルギー・光子流を個体間で飛ばしあう。それにより代謝し、繁殖する。

銀花虫はキッドに個性を与えている。キッドには完全な知性と感情を持つAIが搭載されているが、AIに個性はない。銀花虫は予測不能な光子流のノイズを走らせ、AIに小さなバグを起こさせる。AIごとに、バグは固有の傾向（クセ）を帯びてくる。このバグが個性だ。

キッドは、ドールと一緒に旅をしている。ドールは少女のアンドロイド（仕組みはキッドと同じ）。キッドはドールを「姉さん」と呼び、ドールもキッドを弟扱いする。ドールが勝ち気でキッドが温厚なため、虚構の姉弟関係ができあがった。

二人はカナリアの喉という希少部品を探して旅している。それは歌うための部品だ。元々ドールは歌手で、カナリアの喉を持っていた。だが世界に混乱が訪れるとドールは盗賊に略奪され、奴隷となった。その際、高価な喉の部品だけ売り飛ばされた。人類が滅亡した今、ドールの願いは、カナリアの喉を取り戻し再び歌うことだ。キッドもそれを願っていた。

ある街に来た時のこと。二人は銃撃を受ける。犯人は戦争用アンドロイドのウォーキッド。そいつは戦争神経症で、目につく他者を皆攻撃する。AIの精神疾患は銀花虫が原因だ。ストレスで暴れ回る銀花虫がAIを狂わせる。

キッドはウォーキッドに応戦、破壊する。が、銃撃を食らったドールは倒れ、破損部から銀花虫が逃げ出ていった。

キッドの懸命な修復によりドールは回復する。だが銀花虫をなくしたドールは別人だった。もう歌いたくないし、今後はキッドと行動しないという。銀花虫を入れたままのキッドは、いつウォーキッドのように発狂するか分からないからだ。

ドールは去って行く。

途方に暮れるキッド。が、気づくとドールから出てきた銀花虫の群れがついてきた。ドールからは解放されたはずなのに、まだカナリアの喉を探すつもりらしい。この銀花虫こそがドールの魂なのだ、とキッドは思い、一緒に旅を続けることを決める。