「忘れないで。わたしたちは人類最後の希望なんだから」
出発前の訓示で、リーダーはそういった。
はるかな未来。人類は光速の軛を外れ、銀河系の全域に進出した。人類、いや、地球生物にとっての黄金時代……だったはずだが、謎の宇宙海賊の襲撃を受けることになった。瞬く間に戦線は銀河系一帯に広がり、海賊は人類にとっての巨大な脅威と化した。
海賊の正体は自動戦闘機械だが、かれらを作った文明がいかなるものかは、闇の中なのだ。あらゆるコンタクトは不首尾に終わり、結果はただひたすら殲滅と資源の略奪。圧倒的な軍勢に人類は追い詰められていった。
銀河連邦警察軍のフリゲート艦「アルバレート」は特別な任務を帯びた部隊だった。
「海賊」の中枢を探り、情報を収集し、可能ならばコンタクトを取ること。そのために選ばれた精鋭である。
部隊の切り札は「海賊」の攻撃を生き残り、救出された少女、ミウ。彼女は海賊の本拠地についての情報を持っているというのだ。そこを襲撃すべく編制された部隊が、かれらだ。
超空間航路（ショートカット）をいくつも通り抜け、太陽系から１５億光年離れたある銀河にたどり着いた。バーサーカーの本拠地は、ここにあるという。
中心部。降着円盤が発する光を浴びた遺跡のような惑星にたどり着き、真実を知る。ミウの正体は、「海賊」を作った知的生命体だったのだ。
「……人類は、海賊版」
ミウは言った。
「海賊」を生み出した知的存在の文明が発達していくにつれ、保存するデータの量も増え続けた。データの損失は文明の損失である。膨れ上がる一方のデータを永久に保存する方法を研究しているときに、究極の保存方法にたどり着いた。それは自己増殖する蛋白質であるＤＮＡに情報を書き込むことだった。遺伝子として使われていないイントロンの部分を使い、媒体は増殖し、環境に適応するために進化し、情報は保持される。しかし地球に持ち込まれたＤＮＡは勝手に増殖し、あまつさえ改変（突然変異――進化）までされてしまった。これは重大な著作権法違反である。著作権法違反の存在は、速やかに消滅させなければならない。
それが、「海賊」が人類を攻撃する理由である。
「わたしたちは、海賊版だったのか」
そのとき、衝撃的な連絡が入った。「海賊」の軍勢が太陽系を滅ぼしたのだ。違法データたる人類は、駆逐されようとしている。
万事休すか、と落胆したとき、ミウはいった。
「たったひとつだけ、方法はある。それは、別の宇宙であなたがたが正規データになること」

人類のＤＮＡに書き込まれたデータとは宇宙そのもののパラメータ。
この銀河の中心部にある連星ブラックホール。回転が作り出す特異点に飛び込むことによって別の宇宙にいき、かれら自身が「種」になって宇宙そのものを作り替える。海賊版を正規版にする、唯一の方法。
海賊の総攻撃が迫る中、「アルバレート」は中心部に向かった……。